Les virus mutent tout le temps, y compris le coronavirus SARS-CoV-2 qui a causé la pandémie de Covid-19. Bien que la plupart des changements génétiques soient inoffensifs, certains d’entre eux peuvent rendre le mutant plus apte à infecter les cellules ou à échapper aux anticorps, par exemple. Ces variants “plus adaptés” peuvent supplanter d’autres souches, de sorte qu’elles deviennent la source prédominante d’infections.
Une succession de variants plus transmissibles a émergé au cours de la dernière année, abritant chacun une constellation de mutations. Le plus inquiétant à ce jour est le variant dit delta. Il s’est propagé à près de 100 pays depuis sa première déclaration en Inde en octobre, entraînant une augmentation du nombre de cas et d’hospitalisations, en particulier dans des endroits où moins de la moitié de la population adulte a été entièrement immunisée. C’est déjà la variété dominante au Royaume-Uni et c’est également le cas aux États-Unis.
Qu’est-ce qu’un variant ?
Au cours de la réplication, un virus subit souvent des modifications génétiques qui peuvent créer ce qu’on appelle des variants. Certaines mutations affaiblissent le virus ; d’autres peuvent donner un avantage qui lui permet de proliférer plus rapidement. Si les changements produisent une version avec des caractéristiques physiques distinctement différentes, le variant peut être appelé une souche. Un variant qui s’écarte de manière significative de ses ancêtres viraux peut être identifié comme une nouvelle lignée ou une nouvelle branche de l’arbre évolutif. Dans le discours général, cependant, les termes sont souvent utilisés de manière interchangeable.
Quels sont les variants les plus inquiétants ?
L’Organisation mondiale de la santé utilise le terme “variantes préoccupantes” pour désigner les souches qui posent des risques supplémentaires pour la santé publique. Le terme “variantes d’intérêt émergentes” est quant à lui réservé à celles qui nécessitent une surveillance étroite en raison d’un risque potentiel accru. Ceux-ci ont reçu des lettres de l’alphabet grec pour identification. Au 29 juin, l’OMS avait identifié quatre variantes préoccupantes et sept variantes intéressantes:
Alpha (variante anglaise). Cette variante est apparue en Angleterre en septembre 2020 et a provoqué une vague hivernale de cas qui ont renvoyé le Royaume-Uni en lock-out en janvier. D’autres pays, en particulier en Europe, ont suivi le Royaume-Uni en ré-imposant des restrictions de mouvement. L’alpha est devenue la souche dominante aux États-Unis début avril et a été signalée dans au moins 172 pays, selon l’OMS.
Bêta (variante sud-africaine). Celle-ci, apparue en Afrique du Sud en août 2020, a entraîné une résurgence des cas de Covid qui a submergé l’Afrique australe. Elle a été signalée dans au moins 120 pays.
Gamma (variante brésilienne). Cette variante, repérée pour la première fois dans la ville amazonienne de Manaus en décembre 2020, a contribué à une augmentation des cas qui ont mis à rude épreuve le système de santé brésilien et entraîné des pénuries d’oxygène. Elle a été signalée dans au moins 72 pays.
Delta (variante indienne). Cette variante à propagation rapide a alimenté une vague dramatique de cas de Covid en Inde qui a submergé les hôpitaux et les crématoriums et a depuis été trouvée dans au moins 96 pays. On estime qu’elle est 55% plus transmissible que l’alpha, ont signalé dans une étude des chercheurs de l’OMS, de la London School of Hygiene and Tropical Medicine et de l’Imperial College London. Des médecins indiens ont lié le delta à un éventail plus large de symptômes de Covid, y compris une déficience auditive, et Public Health England a déclaré en juin que les données de l’Angleterre et de l’Écosse suggèrent un risque accru d’hospitalisation par rapport à l’alpha. D’autres preuves ont révélé que delta avait une certaine propension à échapper aux traitements à base d’anticorps et qu’il augmentait potentiellement le risque de réinfection chez les personnes qui se sont rétablies d’une Covid causée par une autre souche.
Comment les variants affectent-ils les vaccins ?
Les scientifiques accordent la plus grande attention aux mutations du gène qui code la protéine du virus, qui joue un rôle clé dans son entrée dans les cellules et est ciblée par les vaccins. Les quatre variantes préoccupantes portent toutes de multiples mutations affectant la protéine de pointe. Cela soulève des questions quant à savoir si les personnes qui ont développé des anticorps contre la souche “normale” ou “sauvage” ― soit à partir d’un vaccin, soit après avoir récupéré de la Covid ― seront en mesure de combattre les nouvelles variantes.
Des chercheurs de l’Université de Floride ont découvert que pour les vaccins Covid en cours de déploiement à l’échelle mondiale, la souche alpha entraînait une efficacité quelque peu réduite par rapport à la souche sauvage, tandis que les variantes bêta et gamma entraînaient une efficacité considérablement inférieure, ont-ils déclaré dans un article publié en mai avant l’examen par les pairs. La recherche à publier doit être examinée par des experts du même domaine avant publication. Quant à delta, les données de Public Health England indiquent que les vaccins sont moins efficaces pour prévenir les maladies symptomatiques par rapport à l’alpha, surtout après une seule dose.
Certains vaccins sont-ils meilleurs que d’autres ?
Aucun essai clinique n’a comparé directement la capacité de différents vaccins à protéger contre la souche d’origine, sans parler des variants. Pourtant, les données émergentes suggèrent qu’il y aura des différences d’efficacité. Une recherche de Public Health England publiée avant l’examen par les pairs et basée sur les dossiers des patients a révélé que deux doses du vaccin AstraZeneca Plc étaient moins efficaces pour empêcher une Covid delta par rapport à une double dose du vaccin Pfizer-BioNtech.
La recherche suggère qu’une immunité optimale est établie lorsque deux doses du vaccin AstraZeneca sont administrées à trois mois d’intervalle – bien plus longtemps que les trois semaines recommandées pour Pfizer-BioNTech. La découverte correspond aux données du Francis Crick Institute, publiées dans The Lancet, qui soulignent l’importance d’une deuxième dose de vaccin pour une protection accrue contre le delta et suggèrent que davantage de vaccinations de rappel pourraient être nécessaires, en particulier pour les groupes vulnérables tels que les receveurs de greffe d’organes et ceux âgés de plus de 80 ans. Johnson & Johnson a déclaré que son vaccin à injection unique neutralise la variante delta et offre plus largement une protection durable contre l’infection.
Différents vaccins peuvent-ils être utilisés ensemble ?
Oui. Cela est déjà pratiqué, bien que dans une mesure limitée, en grande partie à cause des pauses dans l’utilisation du vaccin d’AstraZeneca provoquées par des cas de caillots sanguins rares qui lui sont associés. L’autorité allemande des vaccins a recommandé que les personnes qui ont été vaccinées avec le vaccin AstraZeneca reçoivent des vaccins à ARNm en deuxième dose . Quelques petites études, dont les résultats n’ont pas encore été examinés par des pairs, ont suggéré que l’administration d’une dose d’un vaccin Covid suivie d’une deuxième dose d’un type différent de vaccin Covid pourrait être plus protectrice que deux doses de la même formulation. Des études supplémentaires sur le mélange des vaccins sont en cours. De tels essais pourraient être utiles pour optimiser le déploiement des inoculations disponibles, selon l’OMS.
Existe-t-il d’autres variantes inquiétantes ?
De nouvelles variantes delta ont été signalées dans plusieurs pays, dont l’Inde, le Royaume-Uni et le Vietnam. Une souche qui inclut la mutation K417N, surnommée delta-plus en Inde, a suscité certaines inquiétudes, car ce changement génétique est également hébergé par la souche bêta associée à un risque accru de réinfection.
Des chercheurs britanniques ont déclaré fin juin qu’il n’y avait encore aucune preuve suggérant que la mutation supplémentaire était plus inquiétante. L’OMS a souligné le risque que davantage de variantes émergent à mesure que le coronavirus continue de se propager.
